Var olan domaininiz için apache error.log'da .htaccess: Invalid command 'Header', perhaps misspelled or defined by a module not included in the server configuration hatasını görüyorsanız Apache'nin header modülünün olmamasından kaynaklanıyor.
Aşağıdaki komutları çalıştırarak çözüm sağlayabilirsiniz.
a2enmod headers;
service apache2 restart;